Вычет НДС по счету-фактуре, выставленному продавцом в одном налоговом периоде, а полученному покупателем в следующем налоговом периоде, производится в периоде фактического получения счета-фактуры (Письмо Минфина России от 22.12.2010 № 03-03-06/1/794).
Свою позицию финансовое ведомство мотивирует так: сумма НДС, предъявляемая к вычету, определяется по данным книги покупок. Счета-фактуры регистрируются в книге покупок по мере возникновения права на налоговые вычеты в порядке, установленном ст. 172 НК РФ (п. 7, 8 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по НДС, утв. Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914). А из положений статьи 172 НК РФ следует, что вычеты НДС производятся только при наличии счетов-фактур.
Подобную точку зрения Минфин России высказывал и ранее (см. письма от 20.04.2010 № 03-07-09/24, от 02.04.2009 № 03-07-09/18). У арбитражных судов нет единого подхода к решению данного вопроса: некоторые из них поддерживают Минфин России (см., например, Постановления ФАС Северо-Западного округа от 21.01.2010 № А52-1847/2009, ФАС Московского округа от 07.07.2010 № КА-А40/7117-10), другие считают, что право на вычет НДС возникает в периоде совершения операций (см., например, Постановления ФАС Центрального округа от 02.09.2010 № А14-17197/2009605/28, ФАС Волго-Вятского округа от 15.07.2010 № А79-14739/2009).