Согласно п. 5 ст. 171 НК РФ суммы НДС, предъявленные продавцом покупателю и уплаченные им в бюджет при реализации товаров, подлежат вычету у продавца в случае возврата этих товаров покупателем.
В письме от 11.04.2012 № ЕД-4-3/6103@ ФНС России разъяснила, что если покупатель отказывается от всей партии товара, не принятого на учет, то для применения вычета по НДС продавец должен зарегистрировать в книге покупок счет-фактуру, выставленный покупателю при отгрузке этих товаров и зарегистрированный ранее в книге продаж.
В этом же письме налоговое ведомство указало, что если возврату подлежат товары, принятые на учет, то покупатель должен выставить продавцу счет-фактуру.
К такому выводу ФНС России пришла, ссылаясь на пп. "а" п. 7 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость (утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Она указала, что данным подпунктом установлена обязанность покупателя отражать в журнале учета полученных и выставленных счетов-фактур показатели счетов-фактур, которые выставлены покупателем продавцу при возврате товаров, ранее принятых на учет.