Если договор расторгается, а сумма авансовых платежей физически не возвращается продавцом, а зачитывается в счет штрафных санкций, то НДС, перечисленный с предоплаты в бюджет, вычету не подлежит. Такова позиция Минфина России, выраженная в Письме от 25.04.2011 № 03-07-11/109.
Финансовое ведомство объясняет это следующим. Согласно п. 5 ст. 171 НК РФ вычету подлежит НДС, уплаченный в бюджет с авансов, в случае изменения условий либо расторжения договора и возврата соответствующих сумм. По мнению Министерства, в рассматриваемой ситуации зачет не является возвратом, поэтому НДС к вычету не принимается.
Ранее Минфин России придерживался противоположного мнения. В Письме от 22.06.2010 № 03-07-11/262 финансовое ведомство, основываясь на ст. 410 ГК РФ, указывало, что суммы авансов, в отношении которых осуществлен взаимозачет, считаются возвращенными. Поэтому НДС с этих сумм принимается к вычету. Аналогичные выводы сделаны в Постановлении ФАС Центрального округа от 26.05.2009 по делу № А48-3875/08-8.