В письме от 18.04.2013 № 03-04-06/13294 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Организация выплачивает зарплату работникам два раза в месяц. При этом размер зарплаты за первую половину месяца зависит от фактически отработанного сотрудником времени. В каком порядке удерживается НДФЛ в этом случае, если согласно ст. 226 НК РФ налоговый агент обязан удержать налог из доходов налогоплательщика при их фактической выплате и перечислить его в бюджет не позднее дня получения в банке денежных средств на выплату доходов либо перечисления их на счета налогоплательщиков.
Финансовое ведомство разъяснило, что нормы ст. 226 НК РФ необходимо применять во взаимосвязи с п. 2 ст. 223 НК РФ, в соответствии с которым при получении дохода в виде оплаты труда датой фактического получения налогоплательщиком такого дохода признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности. Поэтому, учитывая эту норму, организация обязана исчислять, удерживать и перечислять в бюджет НДФЛ с заработной платы один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца, за который ему был начислен доход.