Вычет НДС на основании счета-фактуры, заверенного факсимильной подписью руководителя, не применяется (ПисьмоУФНС России по г. Москве от 07.10.2010 N 16-15/104968@). Ссылаясь на п. 2 ст. 160 ГК РФ, УФНС России по г. Москве пояснило, что использование факсимильного воспроизведения подписи допускается в случаях и в порядке, предусмотренных законом, иными правовыми актами или соглашением сторон. Налоговый кодекс РФ не предусматривает возможности использования счетов-фактур, подписанных с помощью факсимиле. Поэтому такой счет-фактура не может служить основанием для применения налогового вычета.
Такую же позицию занимает и Минфин России (см. письма от 01.06.2010 N 03-07-09/33, 17.09.2009 № 03-07-09/48). Мнения арбитражных судов по данному вопросу расходятся. Так, например, ФАС Восточно-Сибирского округа в Постановлении от 02.12.2010 № А33-20240/2009 поддержал контролирующие органы. А ФАС Поволжского округа в Постановлении от 03.08.2010 N А72-18254/2009 занял сторону налогоплательщика. В Определении от 13.02.2009 № ВАС-16068/08 ВАС РФ высказался в пользу возможности использования счетов-фактур с факсимильными подписями.